投料对水质影响很大，特别是养殖到中后期，从一停料亚盐立马大幅下降就可以看出来，对治疗疾病确实有帮助作用；我认为发病后停料，不是考虑对水质的影响，主要的作用是减少摄食后对机体的消化负担（说不清，可能更容易缺氧。不管细菌病还是病毒病，发病后越投喂死亡量越大），细菌病一般是减料或停料（如果发病严重，摄食会极少，或一尾鱼也没有来吃），减料而不停料就像楼主说的目的是把药饵投喂进去，毕竟像败血症这样的细菌病是全身感染，内服效果最好，可以去根，有时仅仅外用也能大幅下降死亡率，但易复发。全身感染的细菌病不建议完全停料，就是因为停料了就不能内服药饵。不停料不是因为饥饿能造成机体免疫力下降，鱼虾蟹和人不同，人如果2天不吃饭会营养不良，抗病力下降，鱼虾蟹2天不喂料的情况下多数会体质更好，更活泼（这可能就是停料能“治病”的原因），但长时间如超过1周不喂有的动物会体质下降，体弱。（有的动物长时间停料会出现大吃小，虾会吃死藻、底泥等会发病更严重等，具体情况具体分析）
     病毒病就必须停料，或少量投喂把免疫调节剂加里面。病毒病发病后再投喂死亡量增加的太明显了，几乎所有的病毒病，包括各种海水鱼和淡水鲈形目鱼的细胞肿大虹彩病毒病、鲤鱼鲫鱼的各种疱疹病毒病、草鱼种的草鱼出血病等等都是一样的，越投喂死亡越多，停料时间也不仅仅局限几天，病毒病死亡不大幅减少就不能投喂，池塘养殖的美国红鱼脾肾坏死病毒病很严重，有时停料2个月，因为一投喂就大量死亡。这里的停料和水质也没有大关系，主要还是投喂与消化负担有关系，虽然“消化负担”到底是个啥东西说不清楚。